Putze die Pilze. Viertel die Champignons und schneide die Shiitake in ähnlich große Stücke.
Heize den Ofen auf 180 °C Ober-/Unterhitze vor.
Schäle die Zwiebel sowie den Knoblauch und hacke beides fein. Schwitze beides in einer Pfanne mit der Butter glasig. Gib die Pilze hinzu und schwitze sie mit an.
Streue das Mehl drüber. Gib den Wein und die Brühe hinzu und lasse alles etwa 5 Minuten köcheln.
Koche die Nudeln währenddessen in leicht gesalzenem Wasser vor, sodass sie noch gut Biss haben. Schrecke sie danach unter kaltem Wasser ab.
Gib die Crème fraîche zu den Pilzen und schmecke sie mit Salz, Muskat und Pfeffer ab.
Fülle alles in eine Auflaufform, rühre es gut durch und bestreue alles mit Käse.
Backe den Auflauf im Ofen für ca. 25 Minuten, bis der Käse goldbraun wird.