Fette eine Auflaufform mit Butter ein und streue sie mit Semmelbröseln ein.
Wasche den Kürbis, halbiere ihn und entferne die Kerne. Schneide den Kürbis dann in mundgerechte Würfel.
Verteile den Kürbis gleichmäßig in der vorbereiteten Auflaufform.
Schäle die Knoblauchzehen und presse sie in eine Schüssel. Füge Sahne, Milch, Salz, Pfeffer, Muskatnuss und den Thymian hinzu und vermenge alles gut miteinander. Gieße die Mischung über den Kürbis und streue den geriebenen Käse darüber.
Schiebe das Kürbisgratin in den Ofen und backe es auf mittlerer Schiene für etwa 40 Minuten, bis der Kürbis weich und der Käse goldbraun ist.